Uma solução que encontrei, é sobre algo que já deveria fazer parte de ferramentas do Gnome, e que por acaso já existe no MacOS-X desde a algum tempo - um corretor de atribuições e utilizadores.
O script .sh que tem funcionado comigo no Linux, para este fim, é:
sudo chmod 755 ~
sudo chmod 755 ~/*
sudo chmod 755 ~/.*
sudo chmod 644 ~/.bash*
sudo chmod 644 ~/.gtk-bookmarks
sudo chmod 644 ~/.profile
sudo chmod 644 ~/.recently-used.xbel
sudo chmod 644 ~/.gksudo_as_admin_successful
sudo chmod 644 ~/.xsession-errors
sudo chmod 600 ~/.dmrc
sudo chmod 600 ~/.esd_auth
sudo chmod 600 ~/.ICEauthority
sudo chmod 600 ~/.pulse-cookie
sudo chmod 600 ~/.Xauthority
sudo chmod 600 ~/.bash_history
sudo chmod 640 ~/.gksu.lock
sudo chmod 500 ~/.gvfs
sudo chmod 700 ~/.gcon*
sudo chmod 700 ~/.gnom*
sudo chmod 700 ~/.gnupg
sudo chmod 700 ~/.ssh
sudo chmod 700 ~/.thumbnails
sudo chmod 700 ~/.update-notifier
sudo chown guest:guest ~
sudo chown guest:guest ~/*
sudo chown root:root ~/.dbus
Este .sh roda-se no terminal, com 'bash script.sh' (pressupondo que script.sh é o nome do script) - para utilizarem ao clicarem no icone, o 'sudo' seria substituido 'gksudo'
No caso do utilizador 'guest' acima, substituam pelo nome do utilizador que vocês estão a utilizar agora (vejam como se chama o directório de '~', é o que vem depois de '/home/')
É um script que de certeza pode evitar muitos de vocês a terem de reinstalar o Linux (como já aconteceu comigo a uns 4 anos atrás...)